Tận dụng tính ẩn danh và phi biên giới của các sàn thương mại điện tử (TMĐT), không ít doanh nghiệp đã dựng lên những hệ thống gian hàng ảo, hóa đơn khống nhằm chiếm đoạt tiền hoàn thuế. Chính vì vậy, ngành Thuế đang đẩy mạnh việc kết nối dữ liệu liên ngành: hóa đơn điện tử (cơ quan thuế) - dòng tiền (ngân hàng) - vận động hàng hóa (hải quan) để chặn đứng gian lận qua sàn TMĐT.
Hiện nay, trong quá trình quản lý thuế, một số cá nhân có thể đã được cấp nhiều hơn một mã số thuế (MST) do phát sinh đăng ký thuế tại các thời điểm khác nhau hoặc phục vụ các mục đích đăng ký thuế khác nhau.
Bộ Tài chính vừa giao Cục Thuế là đầu mối giúp Lãnh đạo Bộ theo dõi, đôn đốc, tổng hợp tình hình triển khai Kế hoạch hành động quốc gia thực hiện nghĩa vụ của Chính phủ Việt Nam về trao đổi thông tin theo yêu cầu vì mục đích thuế.